En la actualidad San Rafael recibe seis vuelos semanales de Aerolíneas Argentinas, cinco que lo conectan con el Aeroparque Jorge Newbery y uno con Ezeiza.
Entre enero y noviembre de 2025, el aeropuerto movilizó 45 mil pasajeros, cifra 4% superior a la del mismo período de 2024, ubicándose en el puesto 33 entre los aeropuertos argentinos con más tráfico.
